Computer matcht molecuul met willekeurig micro-RNA

Een dna-sequentie is genoeg om een molecuul te kunnen ontwerpen dat de vertaling van die sequentie naar een eiwit saboteert. Dit stellen onderzoekers van het Scripps Research Institute (Florida) in Nature Chemical Biology. Om het te bewijzen hebben ze alvast een verbinding gevonden die bepaalde kankercellen zichzelf laat aanvallen.

De Amerikanen ontwikkelden een computationele methode, die ze Inforna noemden. Deze methode begint met het doorspitten van een database met informatie over medicijn-RNA interacties. De bevindingen worden gekoppeld met informatie over andere RNAsequenties. Hieruit kun je dan afleiden welke verbindingen goed zouden moeten werken tegen RNA waar nog weinig over bekend is.
De onderzoekers richten zich vooral op microRNA. Dit is RNA dat vooral als  een soort dimmer werkt: het bindt aan stukjes RNA en voorkomt zo dat deze zich uit in de vorm van eiwitten. Ze begonnen met MiR-96, waarvan men denkt dat het kanker bevordert door de apoptose van ongezonde cellen te stoppen. De verbinding die ze vonden inhibiteerde inderdaad MiR-96 en stopte de groei van kankercellen. Cellen zonder MiR-96 bleken onaangetast.

‘Het is voor het eerst dat kleine, therapeutische moleculen ontworpen zijn vanuit alleen een RNA-sequentie. Velen dachten dat dat niet kon,’ zegt Matthew Disney, hoofd van de Amerikaanse onderzoeksgroep die het artikel publiceerde. ‘In dit geval hebben we specifiek en selectief een stukje RNA dat kanker veroorzaakt kunnen targeten.’ De hoofdauteur van het artikel, Sai Pradeep Velagapudi, vult aan: ‘In de toekomst hopen we dat medicijnen kunnen ontwikkelen voor meerdere soorten kanker of pathologisch RNA.’ Het nieuwe medicijn is makkelijk te maken en ook nog eens in staat door de celwand te gaan. Daarnaast is het selectiever dan de huidige methodes die synthetische oligonucleotiden – stukken RNA – gebruiken . Oligonucleotiden hebben ook nog het

bijkomende probleem dat het lichaam ze snel afbreekt. ‘Het is tot nu toe nog nooit gelukt en dit maakt ons heel enthousiast voor toekomstige ontwikkelingen,’ sluit Disney af.

Gepubliceerd op:  14 februari 2014 708 x bekeken