Gerichter zoeken naar oorzaken ziektes wordt mogelijk

Een internationaal gezelschap van meer dan 250 wetenschappers publiceerde op 26 maart een genexpressie-'atlas' van het menselijk genoom in het wetenschappelijk tijdschrift Nature. Dit leidt tot een veel beter begrip van het genoom, waarin alle erfelijke informatie ligt opgeslagen. Er is nu een veel betere kaart van hoe het genoom in verschillende delen van ons lichaam wordt gebruikt, aldus geneticus Peter Heutink, die vanuit VU medisch centrum meewerkte aan het project. Dankzij de atlas kunnen onderzoekers wereldwijd bijvoorbeeld veel gerichter zoeken naar de oorzaken van talloze ziektes.

Het menselijk lichaam bestaat uit meer dan vierhonderd verschillende soorten cellen, ieder met een eigen functie. Alle informatie over de functies van deze cellen ligt opgeslagen in het genoom, het geheel van erfelijke informatie in een cel. Iedere cel bevat, ongeacht het type, dezelfde complete set erfelijke informatie. Het verschil tussen de verschillende soorten cellen zit in welke stukjes van het genoom - welke genen - zij gebruiken. Zo gebruiken huidcellen andere genen dan longcellen of hersencellen. Tot nu toe was echter onbekend welke genen in de verschillende celtypen gebruikt worden.

Daar komt nu verandering in. Onder leiding van het Japanse instituut RIKEN publiceren meer dan 250 wetenschappers uit meer dan twintig landen een genexpressie-atlas van het menselijk genoom, in twee artikelen in het belangrijke tijdschrift Nature. Het werk geeft een veel beter beeld van hoe het menselijk genoom in elkaar steekt en hoe het wordt gebruikt. Het laat onder andere zien welke genen worden gebruikt door welke cellen. De wetenschappers hebben jarenlang samengewerkt in project FANTOM5.

Het project is een huzarenstukje; er werden meer dan 400 verschillende soorten menselijke cellen en 150 weefsels onderzocht - van spiercellen tot huidcellen en rode bloedcellen. Dit deden de onderzoekers door het hele genoom af te lezen met een speciaal (door RIKEN) ontwikkelde techniek. Daarmee is zeer nauwkeurig te bepalen waar bepaalde genen op het genoom beginnen en eindigen.

Geneticus Peter Heutink van VUmc (afdeling Klinische Genetica en Neuroscience Campus Amsterdam) onderzocht binnen het FANTOM5-project verschillende soorten weefsel uit het brein. Hiervoor gebruikte hij celmateriaal van overleden mensen die niet leden aan een ziekte van het brein, zoals Parkinson of Alzheimer. Door die weefsels nu te gaan vergelijken met 'zieke' weefsels, moet meer duidelijk worden over dergelijke ziektes. 'Binnen dit project hebben we voor de eerste keer grootschalig gebruik gemaakt van celmateriaal dat direct is afgenomen van mensen',vertelt Heutink. 'Voorheen werden altijd cellen gebruikt die al jarenlang waren doorgekweekt in laboratoria. Die zaten inmiddels zo vol met mutaties dat hun functie nog nauwelijks leek op "normale" menselijke cellen.'

De twee artikelen in Nature zijn te vinden via: 'A promoter level mammalian expression atlas', Forrest A. et al, Nature, klik hier en 'An atlas of active enhancers across human cell types and tissues', Andersson R. et al, Nature,  klik hier

Gepubliceerd op:  16 april 2014 745 x bekeken