Studies naar ontstaan kanker met ‘big data’

Kanker ontstaat door mutaties in het DNA. Om die mutaties op te kunnen sporen moet het DNA van heel veel kankerpatiënten onderzocht worden. De universitair medisch centra van Groningen en Leiden hebben een nieuwe methode ontwikkeld om dit te kunnen doen en hebben zij hiermee het erfelijk materiaal van ruim 16.000 kankerpatiënten geanalyseerd.
Het systematisch analyseren van het DNA van tumoren is erg duur. In de afgelopen vijftien jaar is wel heel veel naar gen-expressie gekeken en deze metingen zijn openbaar beschikbaar. In het UMCG is een nieuwe statistische methode ontwikkeld waarmee deze gegevens konden worden hergebruikt. Van ruim 16.000 tumoren kon zo worden bepaald welke veranderingen in het DNA voorkomen.
 
“We zagen dat bepaalde veranderingen erg vaak voorkomen, terwijl je andere alleen bij specifieke tumoren, zoals borstkanker, ziet”, aldus geneticus prof. Lude Franke van het UMCG. Deze informatie wordt nu verder gebruikt om voor een moeilijk te behandelen groep van tumoren, waarbij veel fouten in het DNA voorkomen, nieuwe potentiële therapeutisch aangrijpingspunten te vinden.
 
Om deze methode te ontwikkelen bekeken de onderzoekers 80.000 expressieprofielen. Zo’n grootschalige ‘big data’-aanpak was tot voor kort onmogelijk, maar met de komst van betere computers en nieuwe wiskundige technieken kan dat nu wel. Grote hoeveelheden gegevens, ooit verzameld voor een compleet ander doel, komen nu van pas om beter inzicht te krijgen in het ontstaan van kanker. “Ik denk dat dit het begin is van een doorbraak in kankergenetica. We zijn nog steeds bezig om de betekenis van bepaalde patronen die uit de enorme hoeveelheid data komen te begrijpen”, aldus onderzoeker dr. Erik Schultes van de afdeling Humane Genetica van het LUMC.
Gepubliceerd op:  20 januari 2015 1590 x bekeken